除了含有效微生物外，還有一些營養(yǎng)物質(zhì)。根據(jù)營養(yǎng)物質(zhì)的不同可分為：微生物和有機物復(fù)合;微生物和有機物質(zhì)及無機元素復(fù)合。如果根據(jù)作用機理則可分為：以營養(yǎng)為主;以抗病為主，以降解農(nóng)藥為主;也可多種作用同時兼有。每種肥料各有特色，作用不完全一致，但目的都是為了提高作物的產(chǎn)量，減少化肥用量，降低成本，改良土壤和改善作物品質(zhì)，保護生態(tài)環(huán)境。
如果按其制品中特定的微生物種類，可分為細菌肥料(根瘤菌肥、固氮、解磷、解鉀肥)、放線菌肥(抗生肥料)、真菌類肥料(菌根真菌、霉菌肥料、酵母肥料)、光合細菌肥料。
如果按作用機理，可分為根瘤菌肥料、固氮菌肥料(自生或聯(lián)合共生類)、解磷肥料、硅酸鹽類肥料、芽孢桿菌制劑、分解作物秸稈制劑、微生物植物生長調(diào)節(jié)劑類。目前正處于研究與探索的促進植物生長調(diào)節(jié)劑類。